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Package
Profilage Transcriptomique

 Révéler l’expression génique et décrypter les mécanismes biologiques

Profilage Transcriptomique-Genxmap

3

Niveaux d'analyse inclus

95%

Lectures mappées sur le transcriptome de référence

100%

Workflow compatible RNA-seq, RT-qPCR, dPCR et validation downstream

Nos formules de profilage transcriptomique :

Packages (standard)

  • RNA-seq en Bulk (ARN total, ARNm, miRNA)

  • Métatranscriptomique

  • Expression de gènes par RT-qPCR (quantification relative)

  • Expression de gènes par PCR digitale (quantification absolue)

Projets (Custom)

  • Single-cell RNA-seq (scRNA-seq)

  • Transcriptomique spatiale

  • Exosome / RNA extracellulaire (cfRNA, exosomal RNA)

Pourquoi Choisir nos packages transcriptomiques ?
✅  Approche personnalisée adaptée à vos échantillons et objectifs
✅  Maîtrise complète du flux, de l’extraction à l’interprétation
✅  Flexibilité technologique & analytique éprouvée
✅  Un partenariat scientifique, pas un simple service

Décoder l’expression génique pour révéler la complexité biologique

Comprendre les mécanismes moléculaires via l’analyse fine de l’expression des gènes

Le profilage transcriptomique permet d’analyser l’expression des gènes afin de mieux comprendre les processus biologiques sous-jacents, qu’il s’agisse de la régulation de voies métaboliques, des réponses à des traitements ou de l’identification de biomarqueurs spécifiques.


Chez GENXMAP, nous vous accompagnons dans cette démarche avec des solutions adaptées à vos enjeux scientifiques, que vous soyez en recherche fondamentale, en biotechnologie ou en médecine personnalisée.

Explorer le transcriptome dans toute sa richesse, du bulk RNA-seq à la transcriptomique spatiale

Nous proposons une approche globale et exploratoire du transcriptome, idéale pour la découverte de biomarqueurs, la caractérisation de signatures moléculaires ou l’analyse des états cellulaires :

  • Bulk RNA-sequencing : ARN total, ARNm ou miRNA – pour des profils globaux d’expression à l’échelle de l’échantillon.

  • Single-cell RNA-seq : analyse à résolution cellulaire pour décrypter l’hétérogénéité au sein de populations complexes.

  • Transcriptomique spatiale : pour préserver l’architecture tissulaire et comprendre l’organisation topographique des expressions géniques.

Quantifier, valider et détecter les transcrits spécifiques avec précision

Nous proposons également une approche ciblée pour la validation de résultats exploratoires ou l’étude de gènes d’intérêt spécifique :

  • RT-qPCR : quantification relative d’un panel de transcrits avec sensibilité élevée.

  • PCR digitale : détection ultra-sensible de transcrits rares ou faiblement exprimés, avec possibilité de quantification absolue.

Approche globale:
processus intégré et optimisé

Une approche clé en main avec un support personnalisé de la purification des acides nucléiques jusqu'à l'analyse des données.
1. Extraction  d'ARN

Obtenez des extraits d’ARN de haute qualité, essentiels pour vos analyses transcriptomiques.

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Applications :
Extraction d’ARN (ARN total, ARNm et miARN) à partir de matrices variées (cultures cellulaires, tissus, sang, biofilms, etc.), vérification de la qualité et de la concentration des extraits avant RNA-seq, qPCR, ou analyses transcriptomiques ciblées.

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Techniques :

  • Kits d’extraction optimisés avec des protocoles adaptés au type d’échantillon et aux objectifs analytiques, incluant des étapes de purification et de dégradation de l’ADN génomique résiduel.​

  • Nanodrop pour une mesure rapide de la concentration et de la pureté (ratios 260/280 et 260/230).​

  • Qubit pour une quantification sensible et précise de l’ARN total, y compris pour les faibles concentrations.​

  • Fragment Analyzer / TapeStation pour vérifier l’intégrité de l’ARN extrait (RIN/RQN), indispensable pour les applications RNA-seq et transcriptomiques.

2. Préparation des librairies & QC

Préparez vos librairies RNA-seq et assurez leur qualité pour des séquençages performants.

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Applications :
Préparation d’échantillons pour le séquençage RNA-seq, analyses transcriptomiques globales ou ciblées, étude de l’expression génique différentielle, identification de nouveaux transcrits.

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Techniques :

  • Kits de préparation de librairies adaptés au type d’ARN (ARN total, polyA+, ARN messager ou petits ARN) et aux besoins de l’étude.​

  • Fragment Analyzer / TapeStation pour vérifier la taille et de la qualité des librairies, détection d’éventuels dimères ou profils anormaux.​

  • Qubit pour une quantification précise des librairies avant séquençage.​

  • qPCR spécifique librairie pour une quantification fonctionnelle des librairies prêtes à séquencer, garantissant un rendement optimal et une couverture homogène.

3. Séquençage NGS

Réalisez vos séquençages RNA-seq avec un contrôle qualité rigoureux et des résultats exploitables.

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Applications :

Séquençage d’ARN total, polyA+ ou petits ARN, analyses d’expression différentielle, identification de nouveaux transcrits, analyses de profils transcriptomiques chez différentes espèces et conditions expérimentales.

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Techniques :

  • NovaSeq6000 (Illumina):  Plateforme adaptée aux projets transcriptomiques.

  • Séquençage en lecture paired-end 2×100 bp ou 2×150 bp, avec une profondeur de séquençage ajustée aux objectifs de l’étude (de 20 à 100 millions de reads par échantillon).

4. Analyse bioinformatique et biostatistique

Exploitez pleinement vos données de séquençage grâce à nos analyses bioinformatiques et biostatistiques sur mesure.

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Applications :
Traitement et analyse de données NGS, identification de gènes ou voies de signalisation d’intérêt, analyses d’expression différentielle,  analyses de clusters et interprétation fonctionnelle.

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Techniques :

  • Contrôle qualité des reads pourévaluer la qualité des lectures brutes (FastQC) et nettoyage des séquences par trimming.​

  • Alignement sur le génome de référence :

Mapping des lectures sur le génome ou transcriptome de référence (STAR, HISAT2…).​

  • Quantification des niveaux d’expression :

Calcul des TPM (Transcripts Per Million), FPKM (Fragments Per Kilobase per Million) ou CPM (Counts Per Million) selon les besoins de l’étude.​

  • Analyse différentielle d’expression :

Identification des gènes ou transcrits différentiellement exprimés à l’aide de méthodes statistiques robustes (DESeq2, edgeR).​

  • Annotation fonctionnelle et enrichissement de pathways :

Analyses fonctionnelles des gènes différentiellement exprimés via des bases de données et outils d’enrichissement (GO, KEGG, Reactome).​

  • Analyses exploratoires et visualisation des données :

PCA, heatmaps, clustering, représentations graphiques et rapports personnalisés.

Nos Packages Clés en Main

Des Workflows prédéfinis et optimisés... 
Nos Solutions, Votre Projet!
Package Bulk RNA-Seq-Genxmap
Package RNA-seq en Bulk (ARN total, ARNm, miARN)
à partir de 590€/échantillon*
*pour toute commande ≥ 24 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : transcriptome complet (ARNm polyA)

  • Échantillons : cellules, tissus, biopsies, fluides biologiques

  • Méthodologie :

    • QC : quantification ARN (Qubit), intégrité (Bioanalyzer/Tapestation RIN ≥7), élimination de l'ADN génomique

    • ARN total : préparation librairies avec sélection poly(A)

    • Séquençage Illumina (2×100 bp, ~20 M lectures/échantillon)

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  • Bioinfo : QC et analyse primaire → analyse différentielle → intégration des résultats → analyse de réseau → synthèse & reporting final avec visualisations prêtes à publication

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  •  Livrables : fichiers FASTQ & BAM/BAI + matrices de comptage (CSV/XLSX) + résultats différentiels & enrichissement (XLSX) + rapports et visualisations des résultats​

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Options : partitionnement microfluidique ou sur plaque ; séquençage profond ; détection de fusions/épissages ; co-analyse clinique ou multi-omique ; ribodéplétion ; kits spécialisés pour l’ARN de faible intégrité ou pour de faibles/ultra-faibles quantités d’ARN.

Réserver
Package métatranscriptomique-Genxmap
Package Métatranscriptomique
à partir de 550€/échantillon*
*pour toute commande ≥ 48 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : ARN total microbien (ARNm exprimés, ARNr déplétés)

  • Échantillons : microbiotes actifs (intestin, peau, sols, biofilms)

  • Méthodologie

    • Extraction ARN microbien

    • Contrôle qualité post-extraction (quantité, pureté, intégrité, RIN ≥ 7)

    • Déplétion ARNr

    • Préparation librairies RNA-seq

    • Séquençage : Illumina NovaSeq 6000 (2×100 bp, ~20 M lectures/échantillon)

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  • Bioinfo : QC/filtrage → assemblage transcriptomes microbiens → annotation fonctionnelle → quantification gènes exprimés → analyses voies métaboliques actives → visualisation des résultats

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  • Livrables : FASTQ + rapports QC, matrices d’expression gènes/voies, profils fonctionnels (heatmaps, PCoA, enrichissements), Rapport PDF synthèse

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Options : Intégration multi-omics (ADN + ARN), profondeur de séquençage accrue, analyses différentielles (réponse à traitement, conditions expérimentales), Réunion post-analyses (60 min) pour présentation et discussion des résultats

Réserver
Package RT-qPCR-Genxmap
Package Expression de gènes par RT-qPCR (quantification relative)
à partir de 70€/échantillon
*pour toute commande ≥ 48 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : expression ciblée (gènes d’intérêt + gènes de référence)

  • Échantillons : ARN total de cellules, tissus ou fluides

  • Méthodologie :

    • QC : pureté (A260/280), absence d’ADN génomique

    • RT : synthèse cDNA

    • qPCR : TaqMan (méthode ΔΔCt)

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  • Analyse : normalisation sur gènes de ménage → calcul de la variation relative → visualisations

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  • Livrables : tableaux Ct + ratios relatifs d’expression + rapport PDF

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Options : validation indépendante RNA-seq, multiplex TaqMan, analyse de stabilité des gènes de référence, chimie SYBR Green

Réserver
Package dPCR-Genxmap
Package Expression de gènes par PCR digitale (dPCR, quantification absolue)
à partir de 120€/échantillon*
*pour toute commande ≥ 48 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : expression ciblée (gènes d’intérêt + gènes de référence)

  • Échantillons : ARN total de cellules, tissus ou fluides

  • Méthodologie :

    • QC : pureté (A260/280), absence d’ADN génomique

    • RT : synthèse cDNA

    • dPCR : TaqMan (méthode quantification absolue)

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  • Analyse : comptage positif/négatif → estimation de la concentration absolue → calcul de ratios entre cibles

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  • Livrables : valeurs absolues (copies/µL) + tableaux + graphiques de quantification + rapport PDF

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Options : détection de mutations rares, validation de biomarqueurs cliniques, multiplexage de cibles

Réserver

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De la méthode à l’impact

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Notre ADN

Nous mettons notre expertise et nos technologies au service de nos partenaires et clients pour transformer la complexité biologique en données fiables et exploitables.

Nos solutions

Des services précis et avancés, des technologies de pointe et des analyses fiables.
Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.

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