ADN ARN Protéines au service de vos découvertes
Une approche multi-omique pour une vision complète
L’identification et la validation de biomarqueurs sont essentielles en recherche biomédicale, diagnostic précoce et médecine personnalisée.
Cependant, se limiter à une seule couche de données (génomique, transcriptomique ou protéomique) réduit fortement la capacité à saisir toute la complexité des mécanismes biologiques.
Une solution développée par GENXMAP
Biomarker Xplorer est une solution multi-omique intégrée développée par GENXMAP.
Elle combine l’analyse de l’ADN, de l’ARN et des protéines pour décrypter avec précision les signatures moléculaires associées aux pathologies, aux réponses aux traitements, ou à divers états physiopathologiques.
Un workflow maîtrisé de bout en bout
De la collecte des échantillons à l’analyse bioinformatique, nous intégrons chaque étape du processus.
Nos workflows sont optimisés pour garantir des données fiables, reproductibles et exploitables, adaptées à la recherche en biologie des systèmes, à la médecine translationnelle ou au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Nos Packages Clés en Main
Des Workflows prédéfinis et optimisés...
Nos Solutions, Votre Projet!
Package Oncologie — Profilage tumeur / microenvironnement
à partir de 1100€ / échantillon
*pour toute commande ≥ 16 échantillons
Configuration proposée :
-
Cible : transcriptome global (RNA-seq bulk) + panel protéique ciblé
-
Échantillons : tissus frais, FFPE, biopsies, PDX
-
Méthodologie :
-
Extraction d’ARN et contrôle qualité (RIN ≥7, QC dédié pour FFPE)
-
Quantification avec Qubit / NanoDrop
-
Préparation de librairie RNA-seq
-
Séquençage Illumina (paired-end, ~50M lectures/échantillon)
-
Panel protéique ciblé : ELISA multiplex
-
-
Analyses : Normalisation → analyse différentielle d’expression → enrichissement GO/KEGG → signatures immunes et analyses intégratives avec le panel protéique
-
Livrables : Fichiers FASTQ, matrice de comptage, tableaux d’expression différentielle, visualisations (heatmaps, volcano plots, PCA) et un rapport PDF complet
-
Inclus : réunion d’interprétation scientifique (30–60 min)
Options : Transcriptomique spatiale, scRNA-seq, WES (mutations), TCR/BCR-seq, validation par dPCR
Package Maladies rares — Expression & voies altérées
à partir de 1300€ / échantillon
*pour toute commande ≥ 16 échantillons
Configuration proposée :
-
Cible : transcriptome global (RNA-seq) + exome codant (WES)
-
Échantillons : sang total, PBMC, tissus ciblés, lignées cellulaires
-
Méthodologie :
-
Extraction ARN & ADN + contrôle qualité (RIN ≥8 ; DIN ≥7)
-
Préparation librairies RNA-seq + WES
-
Séquençage : RNA-seq (~40–50 M lectures) + WES (Illumina, couverture moyenne 100×)
-
-
Analyses : expression différentielle → co-expression → appel de variants exoniques → priorisation croisée (bases clinico-génétiques)
-
Livrables : fichiers FASTQ + matrices d’expression + fichiers VCF + rapport d’intégration (gènes & voies candidates)
-
Inclus : réunion d’interprétation scientifique (30–60 min)
Options : miRNA-seq, long-reads ciblés, validation de variants rares (dPCR, Sanger)
Package Immunologie & Inflammation — Réponses immunes
à partir de 1600€ / échantillon
*pour toute commande ≥ 8 échantillons
Configuration proposée :
-
Cible : Profilage d’expression génique en single-cell (avec confirmation protéique)
-
Échantillons : PBMC, biopsies inflammatoires, LBA
-
Méthodologie :
-
Contrôle qualité : viabilité cellulaire ≥80 %, RIN de l’ARN adapté
-
Préparation de librairie : scRNA-seq (10x Genomics)
-
Profilage des cytokines : ELISA multiplex pour les principales cytokines sécrétées
-
-
Séquençage :
-
scRNA-seq (~5–10k cellules/échantillon)
-
-
Analyses : Clustering + annotation cellulaire → gènes différentiellement exprimés (par cluster) → scoring de voies (inflammation, cytokines) → inférence de trajectoire
-
Livrables : Objets analysables (.h5ad/.rds) + représentations UMAP/t-SNE + tableaux de marqueurs + rapport PDF
-
Inclus : réunion d’interprétation scientifique (30–60 min)
Options : CITE-seq (ARN + protéines), TCR/BCR-seq, transcriptomique spatiale, profilage multiplex de cytokines
Package Pharmacogénomique — Réponse au traitement
à partir de 990€ / échantillon
*pour toute commande ≥ 18 échantillons
Configuration proposée :
-
Cible : réponse transcriptionnelle et protéique au traitement
-
Design : comparatif pré/post-traitement ± témoins ; ≥3 réplicats par condition
-
Méthodologie :
-
Séquençage RNA-seq (~30–40 M lectures/échantillon)
-
Analyse protéomique label-free (spectrométrie de masse)
-
-
Analyses : signatures prédictives → modèles de réponse → gènes/pathways pharmacodynamiques → corrélations transcriptome↔protéome
-
Livrables : matrices normalisées (ARN + protéines), classifieurs/ROC (si applicables), rapport PDF décisionnel
-
Inclus : réunion d’interprétation scientifique (30–60 min)
Options : WES (résistance), dPCR/qPCR de suivi, panels L1000-like, séries temporelles
Nos solutions
Des services précis et avancés, des technologies de pointe et des analyses fiables.
Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.
Découverte et validation de biomarqueurs
Projet personnalisé et worflow optimisé
1. Isolation et contrôle qualité des biomolécules
Isolation et contrôle qualité rigoureux de l’ADN, de l’ARN et des protéines pour garantir des résultats fiables et exploitables dans toutes vos applications omiques.
Applications :
Extraction et purification d’ADN, d’ARN et de protéines à partir de matrices variées : cultures cellulaires, tissus, sang, biofilms, etc.
Vérification systématique de la qualité, de la concentration et de l’intégrité des extraits pour des applications RNA-seq, qPCR, génotypage, analyses transcriptomiques ciblées ou protéomiques.
Techniques utilisées :
-
Kits d’extraction optimisés avec protocoles sur mesure selon le type d’échantillon et les objectifs analytiques.
-
Dégradation de l’ADN génomique résiduel pour les extractions ARN.
-
Purification spécifique pour les protéines.
-
Nanodrop pour une mesure rapide de la concentration et de la pureté (ratios 260/280 et 260/230 pour ADN/ARN, et 280 pour protéines).
-
Qubit pour une quantification sensible et précise, même à faibles concentrations, en ADN, ARN ou protéines.
-
Fragment Analyzer ou TapeStation pour évaluer l’intégrité des acides nucléiques (RIN/RQN pour l’ARN), indispensable avant RNA-seq et analyses de transcriptome.
2. Découverte de biomarqueurs
Identification des profils d’expression via Bulk RNA-Seq ou Single-cell RNA-Seq pour révéler des signatures moléculaires associées à vos conditions d’intérêt.
Applications :
Détection et caractérisation de biomarqueurs à partir d’analyses transcriptomiques globales ou ciblées.
Comparaison de groupes expérimentaux (malades vs témoins, traités vs non traités…) pour identifier des gènes différentiellement exprimés et signatures moléculaires associées à des pathologies, traitements ou états biologiques.
Adaptable à de nombreux types d’échantillons : tissus, cultures cellulaires, sang, biofilms, etc.
Techniques :
-
Bulk RNA-Seq pour l’analyse globale des profils d’expression à partir d’échantillons complexes.
-
Single-cell RNA-Seq pour explorer l’hétérogénéité cellulaire et identifier des sous-populations spécifiques ou des signatures moléculaires rares.
-
Analyse bioinformatique dédiée pour identifier les gènes différentiellement exprimés (DEG), exploration des voies de signalisation enrichies et mise en évidence de signatures biologiques associées.
-
Contrôle qualité systématique des données (RIN/RQN des ARN, qualité des séquences, métriques de mapping et d’expression).
3. Analyse bioinformatique & Multiomique
Des analyses bioinformatiques et multi-omiques intégrées pour révéler avec précision les signatures moléculaires et les voies biologiques.
Applications :
Intégration de données génomiques, transcriptomiques et protéomiques pour une interprétation globale des mécanismes biologiques, identification de signatures moléculaires associées à des pathologies, des réponses thérapeutiques ou des états physiologiques, analyses comparatives entre cohortes, conditions ou traitements pour révéler des différences significatives, et interprétation fonctionnelle des jeux de données multi-omiques afin de découvrir de nouveaux biomarqueurs et voies biologiques.
Techniques :
-
Pipelines de traitement NGS : contrôle qualité, trimming, alignement et quantification
-
Approches d’intégration multi-omique : combinaison ADN, ARN et protéines pour une interprétation croisée
-
Analyse différentielle et clustering : identification de caractéristiques discriminantes entre groupes
-
Annotation fonctionnelle & enrichissement de pathways : utilisation de bases de référence (GO, KEGG, Reactome, STRING)
-
Analyses exploratoires et visualisation des données : PCA, heatmaps, réseaux, analyses en réduction de dimensions
-
Reporting bioinformatique sur mesure : livrables standardisés, visualisations interactives, figures prêtes à publication
4. Validation ciblée de biomarqueurs
Confirmation de l’expression différentielle des biomarqueurs identifiés via qPCR, NanoString ou autres technologies adaptées.
Applications :
Validation de signatures moléculaires ou de gènes candidats sélectionnés après RNA-Seq ou Single-cell RNA-Seq.Analyse comparative de l’expression génique dans différents groupes expérimentaux (pathologie, traitement, conditions biologiques…).Quantification précise de l’expression de gènes d’intérêt dans des échantillons supplémentaires ou des cohortes élargies.
Techniques :
-
qPCR en endpoint ou temps réel (RT-qPCR) pour une validation rapide et sensible de l’expression de biomarqueurs.
-
dPCR (digital PCR) pour une quantification ultra-sensible et absolue de l’expression de biomarqueurs, particulièrement adaptée aux transcrits rares, à l’ADN/ARN circulant ou aux échantillons faiblement concentrés. Idéale pour des applications cliniques ou précliniques nécessitant une détection à très faible seuil.
-
NanoString pour une validation multiplexée et sans étape d’amplification, permettant d’analyser plusieurs dizaines à centaines de gènes simultanément à partir d’un faible volume d’échantillon.
-
Western Blot / ELISA pour la validation des biomarqueurs au niveau protéique si nécessaire.
-
Contrôle qualité systématique des échantillons et des données (pureté, concentration, efficacité de transcription inverse, courbes standard, contrôles internes).
5. Screening haut-débit & Panels ciblés
Analyse simultanée de panels de biomarqueurs prédéfinis ou personnalisés pour un screening rapide et structuré.
Applications :
Recherche ciblée et confirmation de biomarqueurs candidats dans de larges cohortes d’échantillons.
Screening rapide de profils d’expression ou de variations génétiques associées à des pathologies, des réponses thérapeutiques ou des états physiopathologiques spécifiques.
Applicable à des matrices variées : tissus, sérums, cultures cellulaires, ADN/ARN circulants, etc.
Techniques :
-
Panels de qPCR multiplexés pour le screening simultané de plusieurs biomarqueurs à partir de faibles quantités d’échantillon.
-
PCR arrays ou amplicon panels NGS pour le ciblage de panels de gènes d’intérêt (ex : inflammation, oncologie, neurodégénérescence…).
-
ELISA multiplex pour l’analyse simultanée de plusieurs biomarqueurs protéiques dans le plasma, le sérum ou les lysats cellulaires.
-
Contrôle qualité des données et reporting statistique avec identification des variations significatives et profils d’expression pertinents.
Biomarker Xplorer
La puissance de la multi-omique pour révéler les biomarqueurs
3
Niveaux d'analyse inclus
>95%
Taux d’alignement sur le transcriptome de référence
20k+
Gènes analysés par échantillon
Cas d’Usage & Applications:
-
Oncologie & cancer
-
Maladies rares & génétiques
-
Immunologie & inflammation
-
Pharmacogénomique & réponse au traitement
-
Modèles expérimentaux & validation CRISPR
-
Recherche translationnelle & médecine de précision
-
Neurologie & neurodégénérescence
-
Environnement / microbiote
-
Toxicologie moléculaire