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GENXMAP
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GENXMAP

Package Métagénomique

Une exploration complète pour dévoiler les secrets du vivant.

Metagenomique-Genxmap

3

Niveaux d’analyse inclus (taxo, fonction, comparatif)

98%+

Couverture taxonomique sur microbiotes connus

+150

Gènes fonctionnels détectés en moyenne par échantillon

Nos formules de Séquençage métagénomiques :

Packages (standard)​

  • Gène 16S ARNr / 18S ARNr

  • Shotgun

  • Métatranscriptomique

Projets (Custom)

  • ITS fongique 

  • Long Reads 

Pourquoi Choisir nos packages métagénomiques ?
✅  Une approche modulaire adaptée à vos objectifs
✅  Un accompagnement scientifique sur-mesure
✅  Une capacité à traiter la complexité des échantillons
✅  Des livrables clairs, flexibles et adaptés à vos usages

Révéler les mondes microbiens,
propulser l'innovation

Vision générale

Une approche globale pour explorer la diversité génétique des microbiotes humains et environnementaux.

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La métagénomique permet d’analyser l’ensemble du matériel génétique d’un microbiote, qu’il soit intestinal, cutané ou environnemental.

 

Elle révèle la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes sans nécessité de culture, ce qui en fait une méthode puissante et non biaisée pour caractériser l’écosystème microbien dans son ensemble.

Approche GENXMAP & technologies

Des technologies de pointe pour un profilage complet et précis.

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Chez GENXMAP, nous mettons notre expertise scientifique et nos technologies de séquençage avancées à votre service pour une analyse exhaustive et exploitable de vos échantillons microbiens :

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✔ Profilage taxonomique des communautés microbiennes via le séquençage de l’ARNr 16S pour les procaryotes (ex. bactéries, archées) et l’ARNr 18S pour les eucaryotes (ex. champignons, protozoaires).
✔ Analyse fonctionnelle approfondie par séquençage Shotgun, permettant d’explorer les gènes codants et les voies métaboliques actives dans les échantillons.

Applications et domaines

Une expertise transversale pour la santé, l’environnement et la recherche appliquée.

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Ces approches métagénomiques sont essentielles dans de nombreux domaines :

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  • Santé humaine : compréhension du microbiote intestinal, cutané, buccal, vaginal…

  • Environnement : étude des sols, eaux, biofilms, effluents, etc.

  • Biotechnologies : identification de fonctions enzymatiques, métaboliques, ou de résistomes.

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Le microbiote joue un rôle clé dans l’homéostasie, les pathologies, la réponse aux traitements ou encore les interactions hôte-environnement. Pourtant, de nombreuses fonctions microbiennes restent inconnues, ouvrant la voie à de nouvelles découvertes scientifiques.

Une vision claire, des données exploitables

Transformez la complexité microbienne en informations actionnables.

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Grâce à nos protocoles standardisés, nos pipelines bio-informatiques et nos rapports clairs, vous bénéficiez d’une vision approfondie, interprétable et exploitable des communautés microbiennes de vos échantillons.


Nos formules métagénomiques sont pensées pour accompagner vos projets de recherche, diagnostics ou innovation, de l’extraction d’ADN à la restitution des résultats.

Découverte et classification des microbes

Explorez l'Invisible. Nous vous proposons une approche métagénomique sur mesure pour identifier et analyser la diversité microbienne avec précision.
1. Extraction  d'ADN / ARN

Obtenez des extraits d’ADN de haute qualité, adaptés à vos applications en métagénomique.

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Applications : 

Extraction d’ADN à partir de matrices variées (sols, eaux, tissus, selles, biofilms, etc.), vérification de la qualité et de la concentration des extraits avant séquençage, analyses métagénomiques ciblées ou shotgun.

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Techniques :

  • Kits d’extraction optimisés avec des protocoles adaptés au type d’échantillon et aux objectifs analytiques.​

  • Nanodrop : Mesure rapide de la concentration et de la pureté (ratios 260/280 et 260/230).​

  • Qubit : Quantification sensible et précise, idéale pour les faibles concentrations.​

  • Fragment Analyzer / TapeStation pour vérifier l’intégrité de l’ADN extrait.

2. Préparation des librairies & QC

Préparez vos librairies métagénomiques et assurez leur qualité pour des séquençages performants.

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Applications : 

Préparation d’échantillons pour le séquençage métagénomique, vérification de la qualité et de la taille des librairies, évaluation de la concentration avant séquençage, contrôle qualité des librairies amplifiées.

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Techniques :

  • Fragment Analyzer / TapeStation  pour une analyse de la taille et de la qualité des librairies, détection des profils et éventuels dimères.​

  • Qubit : Quantification précise des librairies pour un chargement optimal en séquençage.​

  • qPCR spécifique librairie pour une quantification fonctionnelle des librairies prêtes à séquencer, assurant un rendement optimal.

3. Séquençage NGS

Réalisez vos séquençages NGS sur MiSeq et NovaSeq avec des résultats fiables et un contrôle qualité rigoureux.

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Applications :
Séquençage ciblé de régions 16S , 18S  ou ITS, analyses métagénomiques shotgun, contrôles microbiens environnementaux et cliniques, étude de microbiotes et de communautés microbiennes complexes.

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Techniques :

  • MiSeq (Illumina) : Plateforme de séquençage haut débit adaptée aux projets de petite et moyenne envergure, avec des lectures courtes à moyennes (2×150 bp à 2×300 bp).​​

  • NovaSeq Illumina : Plateforme de séquençage ultra-haut débit conçue pour les projets de grande envergure nécessitant une couverture massive et un volume important de données.

Nos Packages Clés en Main

Des Workflows prédéfinis et optimisés... 
Nos Solutions, Votre Projet!
Package 16S-18S-Genxmap
Package Métagénomique — 16S/18S
à partir de 160€ / échantillon*
*pour toute commande ≥ 48 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : gène ARNr 16S ou gène ARNr 18S

  • Échantillons : microbiotes intestinal, cutané, environnemental (sol, eau, air)

  • Méthodologie :

    • Extraction ADN

    • Contrôle qualité post-extraction (quantité, pureté, intégrité)

    • PCR ciblée : 16S (V3–V4) et/ou 18S (V4)

    • Préparation librairies : indexation duale

    • Séquençage : Illumina MiSeq 2×250 bp

​​

  • Bioinfo : QC/filtrage → Débruitage/Clustering  → taxonomie (SILVA 16S/18S) → alpha/bêta-diversité de base + PCoA ; tables ASV & taxonomie par marqueur + export combiné

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  • Livrables : FASTQ + rapports QC ; tables ASV & taxonomie (CSV/BIOM) ; barplots/heatmaps/PCoA ; rapport PDF synthèse

​​

Options : ITS1/ITS2 (profil fongique), autres régions (16S V1–V3, V4–V5 ; 18S V9), profondeur accrue/sous-échantillonnage, co-analyse métadonnées, prédiction fonctionnelle 

Réserver
Package Shotgun-Genxmap
Package Métagénomique — Shotgun
à partir de 450€ / échantillon*
*pour toute commande ≥ 12 échantillons

Configuration proposée

  • Cible : génome microbien complet (bactéries, archées, virus, eucaryotes unicellulaires)

  • Échantillons : microbiotes intestinal, cutané, environnemental (sol, eau, air), agroalimentaire

  • Méthodologie :

    • Extraction ADN

    • Contrôle qualité post-extraction (quantité, pureté, intégrité)

    • Préparation librairies shotgun (fragmentation, réparation d’extrémités, indexation duale)

    • Séquençage : Illumina NovaSeq / NextSeq (2×150 bp, 12 Gb)
       

  • Bioinfo : QC/filtrage → élimination ADN hôte → assemblage de novo et/ou binning → annotation taxonomique → annotation fonctionnelle → analyse comparative → visualisation des résultats

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  • Livrables : FASTQ + rapports QC ; assemblages/bins annotés ; tables comparatives (CSV/BIOM) ; visualisations (barplots, heatmaps, PCoA, réseaux fonctionnels) ; rapport PDF de synthèse


Options : Profondeur accrue / ultra-deep sequencing ; analyse comparative multi-groupes ; co-analyse avec métadonnées cliniques ou environnementales ; focus ciblé ; extraction ARN → métatranscriptomique shotgun (profil fonctionnel actif)

Réserver
Package métatranscriptomique-Genxmap_edited.jpg
Package Métatranscriptomique
à partir de 550€ / échantillon*
*pour toute commande ≥ 12 échantillons

Configuration proposée

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  • Cible : ARN total microbien (ARNm exprimés, ARNr déplétés)

  • Échantillons : microbiotes actifs (intestin, peau, sols, biofilms)

  • Méthodologie

    • Extraction ARN microbien

    • Contrôle qualité post-extraction (quantité, pureté, intégrité, RIN ≥ 7)

    • Déplétion ARNr

    • Préparation librairies RNA-seq

    • Séquençage : Illumina NovaSeq 6000 (2×150 bp, ~20 M lectures/échantillon)

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  • Bioinfo : QC/filtrage → assemblage transcriptomes microbiens → annotation fonctionnelle → quantification gènes exprimés → analyses voies métaboliques actives → visualisation des résultats

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  • Livrables : FASTQ + rapports QC, matrices d’expression gènes/voies, profils fonctionnels (heatmaps, PCoA, enrichissements), Rapport PDF synthèse

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Options : Intégration multi-omics (ADN + ARN), profondeur de séquençage accrue, analyses différentielles (réponse à traitement, conditions expérimentales), Réunion post-analyses (60 min) pour présentation et discussion des résultats

Réserver

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De la méthode à l’impact

Découvrez comment nous travaillons chez GENXMAP

Notre ADN

Nous mettons notre expertise et nos technologies au service de nos partenaires et clients pour transformer la complexité biologique en données fiables et exploitables.

Nos solutions

Des services précis et avancés, des technologies de pointe et des analyses fiables.
Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.

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