Package
Biomarker
Xplorer
La solution pour transformer vos données en signatures biologiques
Analyse fine de la structure génétique pour révéler des signatures biologiques
L’identification et la validation de biomarqueurs sont des étapes clés en recherche biomédicale, en diagnostic précoce et en médecine personnalisée. Cependant, une approche limitée à une seule couche de données (génomique, transcriptomique ou protéomique) ne permet pas de capturer toute la complexité des mécanismes biologiques.
C’est pourquoi GENXMAP a développé Biomarker Xplorer, une solution multi-omique intégrée combinant l’analyse de l’ADN, de l’ARN et des protéines. En explorant plusieurs niveaux d’information biologique, Biomarker Xplorer permet de décrypter avec précision les signatures moléculaires associées aux maladies, aux réponses thérapeutiques et aux états physiologiques.
Grâce à notre expertise et à nos technologies avancées, nous intégrons chaque étape du processus : de la collecte et la préparation des échantillons jusqu’à l’analyse bioinformatique et l’interprétation des résultats. Nos workflows optimisés garantissent des données fiables et exploitables, essentielles pour la recherche en biologie des systèmes, la médecine personnalisée et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Cas d’Usage & Applications:
Identification de signatures tumorales pour une stratification précise des patients.
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Oncologie : Découverte de nouveaux biomarqueurs diagnostiques.
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Maladies rares : Étude des profils d’expression et des réponses immunitaires.
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Immunologie & maladies inflammatoires.
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Pharmacogénomique : Analyse de la réponse aux traitements et identification de biomarqueurs prédictifs d’efficacité.
Biomarker Xplorer repose sur une approche combinée de génomique, transcriptomique et protéomique, permettant d’identifier avec précision des biomarqueurs pertinents pour diverses applications.
Obtenez une analyse approfondie des mécanismes biologiques sous-jacents aux pathologies et aux réponses aux traitements.
Pourquoi Choisir GENXMAP ?
✅ Expertise reconnue en génomique et transcriptomique
✅ Solutions adaptées aux besoins académiques et industriels
✅ Accompagnement personnalisé et support bioinformatique
✅ Technologies de pointe et analyses rigoureuses
Découverte et validation de biomarqueurs
Découvrez de nouvelles perspectives.
Une approche multiomique sur mesure pour révéler et valider vos biomarqueurs uniques.
1. Isolation et contrôle qualité des biomolécules
Isolation et contrôle qualité rigoureux de l’ADN, de l’ARN et des protéines pour garantir des résultats fiables et exploitables dans toutes vos applications omiques.
Applications :
Extraction et purification d’ADN, d’ARN et de protéines à partir de matrices variées : cultures cellulaires, tissus, sang, biofilms, etc.
Vérification systématique de la qualité, de la concentration et de l’intégrité des extraits pour des applications RNA-seq, qPCR, génotypage, analyses transcriptomiques ciblées ou protéomiques.
Techniques utilisées :
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Kits d’extraction optimisés avec protocoles sur mesure selon le type d’échantillon et les objectifs analytiques.
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Dégradation de l’ADN génomique résiduel pour les extractions ARN.
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Purification spécifique pour les protéines.
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Nanodrop pour une mesure rapide de la concentration et de la pureté (ratios 260/280 et 260/230 pour ADN/ARN, et 280 pour protéines).
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Qubit pour une quantification sensible et précise, même à faibles concentrations, en ADN, ARN ou protéines.
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Fragment Analyzer ou TapeStation pour évaluer l’intégrité des acides nucléiques (RIN/RQN pour l’ARN), indispensable avant RNA-seq et analyses de transcriptome.
2. Découverte de biomarqueurs
Identification des profils d’expression via Bulk RNA-Seq ou Single-cell RNA-Seq pour révéler des signatures moléculaires associées à vos conditions d’intérêt.
Applications :
Détection et caractérisation de biomarqueurs à partir d’analyses transcriptomiques globales ou ciblées.
Comparaison de groupes expérimentaux (malades vs témoins, traités vs non traités…) pour identifier des gènes différentiellement exprimés et signatures moléculaires associées à des pathologies, traitements ou états biologiques.
Adaptable à de nombreux types d’échantillons : tissus, cultures cellulaires, sang, biofilms, etc.
Techniques :
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Bulk RNA-Seq pour l’analyse globale des profils d’expression à partir d’échantillons complexes.
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Single-cell RNA-Seq pour explorer l’hétérogénéité cellulaire et identifier des sous-populations spécifiques ou des signatures moléculaires rares.
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Analyse bioinformatique dédiée pour identifier les gènes différentiellement exprimés (DEG), exploration des voies de signalisation enrichies et mise en évidence de signatures biologiques associées.
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Contrôle qualité systématique des données (RIN/RQN des ARN, qualité des séquences, métriques de mapping et d’expression).
3. Analyse bioinformatique & Multi-omique
Traitement avancé des données transcriptomiques, génomiques et protéomiques pour détecter variations génétiques, réseaux d’expression et interactions biologiques.
Applications :
Exploitation des données issues de Bulk RNA-Seq, Single-cell RNA-Seq, panels ciblés et screenings protéiques.
Identification de gènes différentiellement exprimés, de mutations ou variations génétiques associées, et de signatures moléculaires spécifiques.
Exploration des voies de signalisation, des réseaux d’interactions géniques et protéiques et des processus biologiques impliqués.
Techniques :
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Analyse de qualité et pré-traitement des données brutes (trimming, mapping, quantification des reads).
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Détection des gènes différentiellement exprimés (DEG) et analyse de leur distribution.
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Analyse de clustering et de profils d’expression (PCA, heatmaps, dendrogrammes).
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Enrichissement fonctionnel et analyse de pathway (Gene Ontology, KEGG, Reactome…).
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Analyse de réseaux d’interactions géniques et protéiques (GeneMANIA, STRING, Cytoscape).
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Intégration multi-omique : croisement des données transcriptomiques, protéomiques et génomiques pour identifier des biomarqueurs et des signatures combinées robustes.
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Reporting détaillé avec visualisations personnalisées et recommandations d’interprétation.
4. Validation ciblée de biomarqueurs
Confirmation de l’expression différentielle des biomarqueurs identifiés via qPCR, NanoString ou autres technologies adaptées.
Applications :
Validation de signatures moléculaires ou de gènes candidats sélectionnés après RNA-Seq ou Single-cell RNA-Seq.
Analyse comparative de l’expression génique dans différents groupes expérimentaux (pathologie, traitement, conditions biologiques…).
Quantification précise de l’expression de gènes d’intérêt dans des échantillons supplémentaires ou des cohortes élargies.
Techniques :
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qPCR en endpoint ou temps réel (RT-qPCR) pour une validation rapide et sensible de l’expression de biomarqueurs.
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dPCR (digital PCR) pour une quantification ultra-sensible et absolue de l’expression de biomarqueurs, particulièrement adaptée aux transcrits rares, à l’ADN/ARN circulant ou aux échantillons faiblement concentrés. Idéale pour des applications cliniques ou précliniques nécessitant une détection à très faible seuil.
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NanoString pour une validation multiplexée et sans étape d’amplification, permettant d’analyser plusieurs dizaines à centaines de gènes simultanément à partir d’un faible volume d’échantillon.
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Western Blot / ELISA pour la validation des biomarqueurs au niveau protéique si nécessaire.
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Contrôle qualité systématique des échantillons et des données (pureté, concentration, efficacité de transcription inverse, courbes standard, contrôles internes).
5. Screening haut-débit & Panels ciblés
Analyse simultanée de panels de biomarqueurs prédéfinis ou personnalisés pour un screening rapide et structuré.
Applications :
Recherche ciblée et confirmation de biomarqueurs candidats dans de larges cohortes d’échantillons.
Screening rapide de profils d’expression ou de variations génétiques associées à des pathologies, des réponses thérapeutiques ou des états physiopathologiques spécifiques.
Applicable à des matrices variées : tissus, sérums, cultures cellulaires, ADN/ARN circulants, etc.
Techniques :
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Panels de qPCR multiplexés pour le screening simultané de plusieurs biomarqueurs à partir de faibles quantités d’échantillon.
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PCR arrays ou amplicon panels NGS pour le ciblage de panels de gènes d’intérêt (ex : inflammation, oncologie, neurodégénérescence…).
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ELISA multiplex pour l’analyse simultanée de plusieurs biomarqueurs protéiques dans le plasma, le sérum ou les lysats cellulaires.
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Contrôle qualité des données et reporting statistique avec identification des variations significatives et profils d’expression pertinents.
Projet personnalisé et expertise multi-omique
Développement de panels personnalisés
Développement de modèles prédictifs et exploratoires
Intégration multi-omique et analyses combinées
Production et validation sur cohortes
Options
Découvrez notre panel d’options complémentaires pour répondre aux exigences de vos projets translationnels, précliniques et cliniques.
Avantages & Différenciation
Une approche multi-omique complète avec une analyse flexible et des validations rigoureuses, garantissant des biomarqueurs précis et exploitables pour la recherche et la médecine personnalisée.
🔬 Approche Complète & Intégrée
Biomarker Xplorer combine l’ADN, l’ARN et les protéines, offrant une vue holistique des phénomènes biologiques.
🎯 Flexibilité & Modularité
Chaque client peut composer son propre pack d’analyse en fonction de ses besoins spécifiques, allant de la simple extraction à l’analyse avancée et la validation expérimentale.
🧠 Expertise Bioinformatique Avancée
Nos outils d’analyse permettent une détection précise des variations génétiques et des profils d’expression différentiels, avec des annotations fonctionnelles pertinentes.
✅ Validation Expérimentale Rigoureuse
Les biomarqueurs identifiés peuvent être validés par qPCR, dPCR et protéomique, garantissant leur robustesse et leur pertinence clinique.
🚀 Accélération de la Recherche & Applications Cliniques
Notre approche permet de préciser les diagnostics, personnaliser les traitements et optimiser le développement thérapeutique.
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Services optimisés et transparents
Des prestations claires et transparentes, pour vous permettre de garder le contrôle en toute confiance.
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Nos autres solutions
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Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.
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