Optimisez Votre RNAseq
Optimisez votre recherche avec notre service de préparation de librairies à partir d'ARN. Nous convertissons les séquences acides nucléiques en formats adaptés pour un séquençage de haute précision, garantissant des résultats fiables et complets. Profitez de notre expertise pour une analyse transcriptomique optimale.
Le Bulk RNA-seq permet de quantifier l'expression génique totale ou de l'entièreté des ARNm à partir d'un mélange de cellules, offrant une vue d'ensemble des niveaux d'ARNm et des régulations transcriptionnelles au sein d'un échantillon. Notre service de séquençage d'ARN en bulk vous offre les données nécessaires pour avancer dans vos recherches.
Le séquençage sur cellule unique ou single-cell RNA sequencing permet l'analyse de l'expression génique au niveau des cellules individuelles d'une population donnée, en mesurant simultanément l'expression de centaines à des milliers de gènes. Cette technique permet de dévoiler l'hétérogénéité des populations cellulaires, de reconstituer les trajectoires de développement cellulaire et de modéliser les dynamiques transcriptionnelles, des informations qui étaient auparavant masquées par les méthodes de séquençage en vrac de l'ARN.
GENXMAP propose un service de préparation de librairies à partir d'ARN, spécialement conçu pour des applications en séquençage d'ARN total (bulk) ou sur cellules uniques (sc-RNA seq). Grâce à cette approche avancée, il est possible de quantifier précisément les niveaux d'ARN, d'identifier les gènes dont l'expression varie en fonction des conditions, et d'explorer des processus complexes tels que l'épissage alternatif.En intégrant ces solutions à vos projets, vous accédez à des analyses robustes et détaillées de l'expression génique, qu'il s'agisse d'études à grande échelle ou de recherches sur des cellules individuelles. GENXMAP garantit ainsi une compréhension plus profonde des mécanismes génétiques et une avancée significative dans la recherche biomédicale.
Pure RNA, Unlocking Precision Analysis
Details du Service
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Identification des objectifs
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Type d’échantillons : Nature, nombre, état et disponibilité des échantillons (ARN purifié, cellules, tissus, etc.).
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Technologies envisagées : Conseils sur la plateforme (Illumina)
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Sélection du type de séquençage :
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Bulk ARN-seq (sur ARN total, mARN, microARN)
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Cellule unique ARN-seq (single cell)
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Définition des paramètres :
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Profondeur de séquençage.
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Couverture génomique.
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Multiplexage (si applicable).
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Validation des ressources :
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Évaluation de la qualité et quantité des échantillons disponibles.
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Conseils sur les étapes de préparation en amont : extraction, purification, contrôle qualité.
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Définition du budget :
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Discussion sur un budget fixe ou flexible.
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Établissement du calendrier :
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Estimation des délais pour chaque étape.
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Planification des livrables : données brutes, analyses, rapports.
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À l’issue de cette consultation, vous recevrez :
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Une proposition détaillée : méthodes, technologies, budget et calendrier.
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Une stratégie personnalisée pour maximiser la réussite de votre projet.
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Des conseils clairs pour préparer vos échantillons et optimiser les résultats.
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Séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing - NGS) : GENXMAP utilise les plateformes suivantes :
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NovaSeq (Illumina)
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Avantages :
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Séquençage rapide et précis de grandes quantités d'ADN provenant de diverses sources environnementales ou biologiques.
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Offre une couverture et une profondeur élevées pour une détection précise des micro-organismes présents.
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MiSeq (Illumina)
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Avantages:
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Haute précision : La technologie de séquençage par synthèse d’Illumina est réputée pour son faible taux d’erreurs, ce qui est idéal pour des analyses nécessitant une grande précision, comme les études de variations génétiques.
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Rapid Turnaround: Quick run times enable timely results for urgent projects.
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Oxford Nanopore technology
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Avantages:
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Longues lectures : ONT permet de générer des lectures très longues (jusqu’à plusieurs centaines de kb), ce qui est précieux pour l’étude des régions complexes du génome, des génomes entiers et des transcrits complets sans fragmentation.
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Real-Time Data: Immediate analysis as sequencing occurs, providing instant insights.
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Étape 0 >> Contrôle de réception des échantillons.
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Evalution visuelle en quantité, qualité
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Rapport et décision client "Go / No-Go" pour la suite du processus
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Étape 1 : Préparation des Échantillons :
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Extraction de l’ADN/ARN : Des protocoles optimisés pour assurer une extraction de haute qualité, même à partir de types d’échantillons difficiles (tissus FFPE, cellules rares, etc.).
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Quantification et évaluation de la qualité : Vérification de la quantité et de la qualité de l’ADN/ARN extrait à l’aide de spectrophotomètres (Nanodrop), Qubit ou fragment analyzer (Qiaxcel).
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Optionnel: Enrichissement des ARNm par: i) élimination des ARN ribosomaux, ii) sélection des ARNm par une sélection polyA
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Pour la technique et le process Séquençage ARN sur cellule unique> Voir la page spécifique
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Préparation de la librairie : Une fois l’ADN extrait et éventuellement enrichi, il est fragmenté, puis les adaptateurs nécessaires pour le séquençage sont ajoutés. Ce processus crée une librairie de séquençage prête à être analysée sur la plateforme choisie.
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Étape 2 >> Lancement du séquençage : Selon la technologie choisie (Illumina), nous procédons au séquençage sur la plateforme adaptée.
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Étape 3 >> Contrôle qualité en temps réel : Surveillance du processus de séquençage pour garantir l'absence d’erreurs techniques et garantir la qualité des données générées.
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Étape 4 >> Analyse des Données :
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Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses
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Pour en savoir plus, n'hésitez pas à aller vers notre page "Analyses bioinformatique & biostatistique"
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Étape 5 >> Validation et Interprétation :
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Interprétation des données : Nos experts bioinformaticiens et nos partenaires analysent les résultats pour vous fournir une interprétation approfondie. Cette analyse permet de mettre en évidence des relations complexes entre les micro-organismes et d'identifier des biomarqueurs ou des cibles thérapeutiques potentielles.
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Rapports détaillés : Un rapport complet et détaillé est généré, incluant des visualisations des résultats (GO pathways, UMAP, etc.), des conclusions ainsi que des recommandations pour les étapes suivantes, en fonction des objectifs du projet.
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Étape 6 >> Livraison des Résultats :
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Formats de Résultats : Fourniture de fichiers bruts (FASTQ).
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Rapport Détaillé : Comprend un résumé des résultats, des visualisations (en fonction de l'analyse demandée), une interprétation biologique et des recommandations pour les étapes suivantes.
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Modes de Livraison : Accès via une plateforme en ligne sécurisée, envoi par email ou réunion de présentation des résultats.
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Suivi et Support : Assistance post-livraison pour clarifications, révisions ou analyses complémentaires.
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Délais de Livraison : Généralement entre 3 à 6 semaines, en fonction de la complexité du projet.
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Options
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Sélectionnez
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Services optimisés et transparents
Des prestations claires et transparentes, pour vous permettre de garder le contrôle en toute confiance.
GENXMAP, votre partenaire de confiance
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Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.
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