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Profilage Transcriptomique
Révéler l’expression génique et décrypter les mécanismes biologiques
Décoder l’expression génique, révéler de nouvelles connaissances
Le profilage transcriptomique permet d’analyser l’expression des gènes afin de mieux comprendre les processus biologiques sous-jacents, qu’il s’agisse de la régulation des voies métaboliques, des réponses aux traitements ou de l’identification de biomarqueurs spécifiques. Ces analyses sont essentielles pour explorer des mécanismes pathologiques, optimiser des stratégies thérapeutiques ou encore caractériser des signatures moléculaires dans divers contextes, de la recherche fondamentale à la médecine personnalisée. Chez GENXMAP, nous proposons plusieurs niveaux de profilage transcriptomique adaptés à vos besoins :
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Approche globale exploratoire du transcriptome
Une solution complète pour la découverte de biomarqueurs et l'analyse des signatures transcriptomiques globales via Bulk RNA-sequencing (ARN total, ARNm ou miRNA disponible), à l'échelle cellulaire via du Single cell RNA-seq
ou en conservant l'architecture spatiale via de la Transcriptomique Spatiale.
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Approche ciblée du transcriptome
Une solution adaptée pour la validation et quantification relative des transcrits via RT-qPCR ou une quantification absolue et une détection de transcrits rares et faiblement exprimés par PCR digitale.
Pourquoi Choisir GENXMAP ?
✅ Expertise reconnue en génomique et transcriptomique
✅ Solutions adaptées aux besoins académiques et industriels
✅ Accompagnement personnalisé et support bioinformatique
✅ Technologies de pointe et analyses rigoureuses
Approche globale: processus intégré et optimisé
Une approche clé en main avec un support personnalisé de la purification des acides nucléiques jusqu'à l'analyse des données.
1. Extraction d'ARN & QC
Obtenez des extraits d’ARN de haute qualité, essentiels pour vos analyses transcriptomiques.
Applications :
Extraction d’ARN (ARN total, ARNm et ARN) à partir de matrices variées (cultures cellulaires, tissus, sang, biofilms, etc.), vérification de la qualité et de la concentration des extraits avant RNA-seq, qPCR, ou analyses transcriptomiques ciblées.
Techniques :
Kits d’extraction optimisés avec des protocoles adaptés au type d’échantillon et aux objectifs analytiques, incluant des étapes de purification et de dégradation de l’ADN génomique résiduel.
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Nanodrop pour une mesure rapide de la concentration et de la pureté (ratios 260/280 et 260/230).
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Qubit pour une quantification sensible et précise de l’ARN total, y compris pour les faibles concentrations.
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Fragment Analyzer / TapeStation pour vérifier l’intégrité de l’ARN extrait (RIN/RQN), indispensable pour les applications RNA-seq et transcriptomiques.
2. Préparation des librairies & QC
Préparez vos librairies RNA-seq et assurez leur qualité pour des séquençages performants.
Applications :
Préparation d’échantillons pour le séquençage RNA-seq, analyses transcriptomiques globales ou ciblées, étude de l’expression génique différentielle, identification de nouveaux transcrits.
Techniques :
Kits de préparation de librairies adaptés au type d’ARN (ARN total, polyA+, ARN messager ou petits ARN) et aux besoins de l’étude.
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Fragment Analyzer / TapeStation pour vérifier la taille et de la qualité des librairies, détection d’éventuels dimères ou profils anormaux.
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Qubit pour une quantification précise des librairies avant séquençage.
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qPCR spécifique librairie pour une quantification fonctionnelle des librairies prêtes à séquencer, garantissant un rendement optimal et une couverture homogène.
3. Séquençage NGS
Réalisez vos séquençages RNA-seq avec un contrôle qualité rigoureux et des résultats exploitables.
Applications :
Séquençage d’ARN total, polyA+ ou petits ARN, analyses d’expression différentielle, identification de nouveaux transcrits, analyses de profils transcriptomiques chez différentes espèces et conditions expérimentales.
Techniques :
NovaSeq6000 (Illumina) : Plateforme adaptée aux projets transcriptomiques.
Séquençage en lecture paired-end 2×100 bp ou 2×150 bp, avec une profondeur de séquençage ajustée aux objectifs de l’étude (de 20 à 100 millions de reads par échantillon).
4. Analyse bioinformatique et biostatistique
Exploitez pleinement vos données de séquençage grâce à nos analyses bioinformatiques et biostatistiques sur mesure.
Applications :
Traitement et analyse de données NGS, identification de gènes ou voies de signalisation d’intérêt, analyses d’expression différentielle, analyses de clusters et interprétation fonctionnelle.
Techniques :
Contrôle qualité des reads pour
évaluer la qualité des lectures brutes (FastQC) et nettoyage des séquences par trimming.
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Alignement sur le génome de référence :
Mapping des lectures sur le génome ou transcriptome de référence (STAR, HISAT2…).
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Quantification des niveaux d’expression :
Calcul des TPM (Transcripts Per Million), FPKM (Fragments Per Kilobase per Million) ou CPM (Counts Per Million) selon les besoins de l’étude.
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Analyse différentielle d’expression :
Identification des gènes ou transcrits différentiellement exprimés à l’aide de méthodes statistiques robustes (DESeq2, edgeR).
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Annotation fonctionnelle et enrichissement de pathways :
Analyses fonctionnelles des gènes différentiellement exprimés via des bases de données et outils d’enrichissement (GO, KEGG, Reactome).
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Analyses exploratoires et visualisation des données :
PCA, heatmaps, clustering, représentations graphiques et rapports personnalisés.
Projet personnalisé et expertise multi-omique
Options
Accédez à nos solutions de profilage transcriptomiques afin de mieux comprendre les processus biologiques sous-jacents.
Sélectionnez
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Services optimisés et transparents
Des prestations claires et transparentes, pour vous permettre de garder le contrôle en toute confiance.
GENXMAP, votre partenaire de confiance
Nos autres solutions
Des services précis et avancés, des technologies de pointe et des analyses fiables.
Notre approche rigoureuse permet d’obtenir des résultats détaillés, essentiels pour vos découvertes scientifiques et applications cliniques.
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