GENXMAP propose des services bioinformatiques de premier plan, conçus pour transformer vos données biologiques complexes en informations claires et exploitables. Notre équipe d'experts, riche d'une vaste expérience, utilise des outils et des technologies de pointe pour garantir des analyses précises, adaptées à vos besoins spécifiques. Nous couvrons un large éventail de services, incluant l'assemblage et l'annotation de séquences génomiques, l'analyse évolutive, la génomique comparative et la détection des mutations.
Nous comprenons que chaque projet est unique, c'est pourquoi nous nous engageons à offrir un accompagnement personnalisé tout au long de votre recherche. En choisissant GENXMAP, vous bénéficiez d'une expertise solide et d'une approche rigoureuse, vous assurant des résultats fiables qui peuvent éclairer vos décisions scientifiques. Faites confiance à notre savoir-faire pour transformer vos données en opportunités d'innovation et faire avancer vos projets avec assurance.
Turning Complex Data into Actionable Insights
GENXMAP, votre partenaire de confiance pour vous soutenir dans vos recherches
Déverrouiller des insights exploitables
Nos services d'analyse de données convertissent des données biologiques complexes en insights exploitables, offrant des interprétations précises et pertinentes pour soutenir vos recherches dans divers domaines, notamment la génomique et la transcriptomique.
Annotation du génome
Nous fournissons des services détaillés d'annotation du génome, identifiant et annotant des éléments tels que les introns, exons, séquences régulatrices et profils de méthylation. Cette cartographie précise est essentielle pour des analyses approfondies et des recherches ultérieures.
Analyse de la biologie évolutive
Spécialisés en biologie évolutive, nous analysons les relations génétiques entre les espèces, y compris les duplications de gènes, les transferts horizontaux de gènes et les comparaisons génomiques. Ces analyses sont cruciales pour comprendre les modèles évolutifs et affiner les classifications taxonomiques.
Génomique comparative
Nos services de génomique comparative permettent de comparer les séquences génétiques entre différents organismes. Nous analysons les mutations, duplications, transferts et inversions pour fournir une compréhension approfondie des complexités évolutives et soutenir vos projets de R&D.
Assemblage de séquences
GENXMAP et ses partenaires offrent des services avancés d'assemblage de séquences, transformant vos données brutes en génomes complets et assemblés. Forts de notre expertise dans les génomes connus et inconnus, nous utilisons des outils de pointe pour traiter les assemblages les plus complexes, garantissant une précision optimale et des résultats fiables.
Analyse des mutations
Nous identifions les mutations significatives en comparant les génomes des cellules affectées avec ceux des cellules normales. Ce service est essentiel pour la recherche sur le cancer et le développement de thérapies ciblées.
Analyse de l'expression génique
Nous fournissons une analyse détaillée du transcriptome pour quantifier les variations de l'expression génique entre différentes conditions, offrant des informations précieuses sur l'activité cellulaire.
Service d'analyse de données à cellule unique
Nos services de séquençage de l'ARN à cellule unique (scRNAseq) révèlent les variations d'expression génique au niveau cellulaire, permettant l'identification de nouvelles sous-populations et l'étude des trajectoires cellulaires. Nous utilisons des techniques avancées telles que tSNE et UMAP pour des analyses précises.
Des Services optimisés et transparents
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Détails du Service
Consultation initiale
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Identification des objectifs de recherche : Vous expliquerez vos objectifs scientifiques, pour comprendre les objectifs de votre étude, qu'il s'agisse d'analyser la diversité microbiologique, d'identifier des pathogènes ou de caractériser des communautés microbiennes dans un échantillon spécifique.
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Identification des types d'échantillons : Vous nous précisez les types d’échantillons que vous souhaitez analyser (selles, sol, eau, tissus, etc.), ce qui nous permet d'adapter le processus de préparation et de séquençage.
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Sélection de la méthodologie : En fonction de vos objectifs, nous vous conseillons sur la méthode la plus appropriée pour l’analyse métagénomique, telle que le séquençage de gènes spécifiques (par exemple 16S ou 18S rRNA) ou l’approche métagénomique complète (Shotgun).
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Choix de la plateforme de séquençage : Nous discutons des options disponibles en fonction de la complexité de l'échantillon et du niveau de résolution requis (Illumina, MiSeq, Oxford nanopore technology).
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Planification du projet et personnalisation :
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Ciblage spécifique ou séquençage global : Si nécessaire, nous élaborons un panel spécifique pour cibler des gènes ou groupes d'intérêt particuliers, ou optons pour une approche globale pour analyser la diversité génétique dans son ensemble.
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Stratégie d’enrichissement et préparation d’échantillons : Nous définissons les étapes de préparation, incluant la pré-extraction, la purification de l’ADN, et l’enrichissement des régions d’intérêt. Cela est particulièrement important si des populations microbiennes rares ou difficiles à capturer sont présentes.
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Estimation du budget et du calendrier
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Validation du budget : Nous vous fournissons une estimation claire du coût du projet en fonction de la méthodologie choisie, du nombre d’échantillons, de la couverture nécessaire et des analyses bioinformatiques supplémentaires.
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Planification temporelle : Une estimation du délai pour la préparation des échantillons, le séquençage, et l’analyse bioinformatique est partagée, avec des points de contrôle réguliers pour suivre l’avancement.
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Suivi et soutien continu
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Accompagnement dans le suivi : Une fois le projet lancé, nous vous accompagnons tout au long du processus, de la récolte des données brutes au soutien bioinformatique pour interpréter les résultats, avec des rapports personnalisés et des recommandations pour les prochaines étapes.
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Technologies disponibles
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Séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing - NGS)
GENXMAP utilise les plateformes suivantes :
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NovaSeq (Illumina)
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Avantages :
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Séquençage rapide et précis de grandes quantités d'ADN provenant de diverses sources environnementales ou biologiques.
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Offre une couverture et une profondeur élevées pour une détection précise des micro-organismes présents.
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MiSeq (Illumina)
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Avantages:
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Haute précision : La technologie de séquençage par synthèse d’Illumina est réputée pour son faible taux d’erreurs, ce qui est idéal pour des analyses nécessitant une grande précision, comme les études de variations génétiques.
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Rapid Turnaround: Quick run times enable timely results for urgent projects.
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Oxford Nanopore technology
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Avantages:
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Longues lectures : ONT permet de générer des lectures très longues (jusqu’à plusieurs centaines de kb), ce qui est précieux pour l’étude des régions complexes du génome, des génomes entiers et des transcrits complets sans fragmentation.
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Real-Time Data: Immediate analysis as sequencing occurs, providing instant insights.
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Process
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Étape 0 : Contrôle de réception des échantillons.
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Evalution visuelle en quantité, qualité
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Rapport et décision client "Go / No-Go" pour la suite du processus
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Étape 1 : Préparation des Échantillons :
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Extraction de l’ADN/ARN : Des protocoles optimisés pour assurer une extraction de haute qualité, même à partir de types d’échantillons difficiles (tissus FFPE, cellules rares, etc.).
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Quantification et évaluation de la qualité : Vérification de la quantité et de la qualité de l’ADN/ARN extrait à l’aide de spectrophotomètres (Nanodrop), Qubit ou fragment analyzer (Qiaxcel).
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Enrichissement ciblé : Si nécessaire, nous appliquons des techniques d’enrichissement pour cibler certaines régions d’intérêt (par exemple, gènes de résistance, gènes 16S rRNA, etc.) avant de passer au séquençage. L’enrichissement permet de concentrer l’analyse sur des zones spécifiques du génome.
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Préparation de la librairie : Une fois l’ADN extrait et éventuellement enrichi, il est fragmenté, puis les adaptateurs nécessaires pour le séquençage sont ajoutés. Ce processus crée une librairie de séquençage prête à être analysée sur la plateforme choisie.
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Étape 2 : Lancement du séquençage : Selon la technologie choisie (Illumina, Oxford Nanopore), nous procédons au séquençage sur la plateforme adaptée.
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Étape 3 : Contrôle qualité en temps réel : Surveillance du processus de séquençage pour garantir l'absence d’erreurs techniques et garantir la qualité des données générées.
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Étape 5 : Analyse des Données :
- Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses telles que:
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Identification taxonomique : Nous utilisons des bases de données comme QIIME, MetaPhlAn, ou Kraken pour identifier les espèces présentes dans l’échantillon et dresser un profil taxonomique détaillé.
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Analyse fonctionnelle : En plus de l'identification taxonomique, nous effectuons une analyse fonctionnelle pour déterminer les gènes et les voies métaboliques présentes dans l'échantillon, notamment les gènes de résistance, les enzymes ou d'autres éléments d'intérêt.
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Assemblage des séquences : Les séquences obtenues sont assemblées et analysées à l’aide de logiciels spécialisés pour reconstruire les génomes des micro-organismes présents dans l’échantillon. Cette étape permet de traiter et de structurer les données brutes.
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- Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses telles que:
Pour en savoir plus, n'hésitez pas à aller vers notre page "Analyses bioinformatique & biostatistique"
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Étape 6 : Validation et Interprétation :
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Interprétation des données : Nos experts bioinformaticiens et nos partenaires analysent les résultats pour vous fournir une interprétation approfondie. Cette analyse permet de mettre en évidence des relations complexes entre les micro-organismes et d'identifier des biomarqueurs ou des cibles thérapeutiques potentielles.
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Rapports détaillés : Un rapport complet et détaillé est généré, incluant des visualisations des résultats (graphes, arbres phylogénétiques, heatmap, etc.), des conclusions sur la diversité microbienne, ainsi que des recommandations pour les étapes suivantes, en fonction des objectifs du projet.
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Étape 7 : Livraison des Résultats :
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Formats de Résultats : Fourniture de fichiers bruts (FASTQ), assemblages, résultats taxonomiques, analyses fonctionnelles et métadonnées.
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Rapport Détaillé : Comprend un résumé des résultats, des visualisations (graphiques, arbres phylogénétiques), une interprétation biologique et des recommandations pour les étapes suivantes.
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Modes de Livraison : Accès via une plateforme en ligne sécurisée, envoi par email ou réunion de présentation des résultats.
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Suivi et Support : Assistance post-livraison pour clarifications, révisions ou analyses complémentaires.
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Délais de Livraison : Généralement entre 3 à 6 semaines, en fonction de la complexité du projet.
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Options
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Séquençage 16S rRNA
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Séquençage 18S rRNA
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Séquençage Shotgun
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Enrichissement des Échantillons
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Avant le séquençage, certaines régions spécifiques du génome peuvent être enrichies (par exemple, les gènes de résistance ou des régions d’intérêt fonctionnel) pour améliorer la couverture de ces régions.
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Support bioinformatique complet
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Confidentialité et conformité
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Suivi complet
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